Cette légende mythologique se voit tout-à-coup revenir à la réalité lorsque Eris, déesse de la discorde, revient sur terre et s'empare d'Athéna en lui administrant la pomme maudite en plein coeur.
Seiyar, Shiryu, Shun, Hyoga et Ikki vont devoir affronter Maya, Yan, Orpheus et Yama, les guerriers fantômes ressuscités par la déesse, afin de délivrer leur déesse.

Premier film de Saint Seiya réalisé, La légende de la Pomme d'Or, retraçant l'histoire mythologique du fruit jeté par la déesse de la discorde, reste à voir, même s'il n'est pas le meilleur des cinq longs métrages réalisés à ce jour.